Misi ketiga Badan POM adalah Mengoptimalkan Kemitraan dengan Pemangku Kepentingan di Berbagai Lini. Wujud dari misi tersebut adalah melakukan pengawasan dan pemantauan terpadu dengan instansi terkait, yang dilakukan pada tanggal 9 – 11 Juni 2015, yaitu pengawasan pangan jajanan di 5 pasar tradisional di masing-masing kabupaten/kota yaitu pasar Beringharjo - Yogyakarta, pasar Wates - Kulonprogo, pasar Bantul - Bantul, pasar Argosari - Gunungkidul, pasar Prambanan – Sleman. Kegiatan ini dilakukan bersama dengan Tim Pemantauan dan Pengendalian Inflasi Daerah DIY.
Tim TPID melakukan kegiatan pemantauan harga sedangkan Tim BBPOM di Yogyakarta melakukan pengawasan terhadap pangan yang beredar. Pengawasan difokuskan pada penggujian terhadap penggunaan bahan berbahaya (rhodamin B, methanyl yellow, boraks, formalin) memakai tes kit. Setelah dilakukan pengawasan di lapangan, kegiatan dilanjutkan dengan Press Release yang mengundang sejumlah media cetak maupun elektronik di Ruang Biro Umum-Humas dan Protokol Sekretariat Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, pada tanggal 11 Juni 2015 jam 14.00 WIB.
Pembicara dalam Press Release adalah Kepala Biro Administrasi Perekonomian & SDA Drs Tri Mulyono MM, Gubernur BI perwakilan DIY Arif Budi Santosa, Kepala Balai Besar POM di Yogyakarta Dra I Gusti Ayu Adhi Aryapatni, Apt. Dua pembicara pertama memaparkan kondisi harga sembilan bahan pokok di pasar tradisional terkait dengan laju inflasi daerah menjelang Ramadhan, sedangkan pembicara ketiga memaparkan hasil intensifikasi pengawasan pangan beredar Menjelang Hari Raya Idul Fitri tahun 2015.
Hasil pemantauan menunjukkan bahwa dari 52 sampel yang diperiksa 33 sampel memenuhi syarat (63% MS) dan 19 sampel tidak memenuhi syarat (38% TMS). Sebagian besar sampel tidak memenuhi syarat karena menggunakan pewarna berbahaya Rhodamin B (79%) yang ditemukan di beberapa produk non lokal yaitu krupuk, lanting, bolu emprit, koyah yang berasal dari Kebumen, Muntilan, Magelang, Klaten dan Solo (Jawa Tengah). Untuk produk lokal ditemukan rhodamin B di 3 (tiga) penjual es dawet merah di pasar Prambanan Sleman.
Untuk penggunaan borak ditemukan di bleng yang masih banyak ditemukan di pasar tradisional, pengadaan berasal dari Solo. Formalin hanya ditemukan pada 1 (satu) sampel mie goreng, sedangkan sampel mie basah produk lokal tidak mengandung formalin dan boraks. Penurunan jumlah mie basah berformalin, anatar lain karena saat ini sedang dilakukan tindakan pro justicia, terhadap pengedar mie basah dari Klaten yang dijual di pasar Prambanan Sleman
Selain hasil pengujian di 5 pasar, juga dipaparkan hasil Intensifikasi Pengawasan pangan yang telah dilakukan oleh BBPOM di Yogyakarta. Sampai tahap kedua (9 Juni 2015) telah dilakukan pemeriksaan terhadap 29 sarana dengan 18 (62%) sarana MS dan 11 (38%) sarana TMS. Temuan terbanyak adalah makanan daluwarsa sejumlah 135 (81%) pieces dari total 166 pieces temuan.
Dari hasil pengawasan dapat disimpulkan bahwa perlu dilakukan koordinasi untuk pembinaan terhadap para pembuat makanan siap saji yang belum mendapat pembinaan oleh instansi terkait, terutama produk pangan yang dibebaskan dari kewajiban pendaftaran dan dijual langsung ke konsumen misalnya pembuat dawet, krupuk yang dijual curah, jajanan pasar tradisional lain.
