Tindak lanjut dari hasil pengawasan Balai Besar POM di Yogyakarta terhadap produk Obat dan Makanan yang tidak memenuhi ketentuan adalah pemusnahan. Ribuan botol jamu tidak terdaftar mengandung bahan kimia obat serta sediaan farmasi dan makanan yang tidak memenuhi ketentuan hasil dari pengawasan petugas Balai Besar POM di Yogyakarta dilakukan peleburan berbarengan dengan pemusnahan minuman keras maupun narkoba hasil eksekusi sidang pengadilan oleh kejaksaan negeri Kota Yogyakarta.
Pemusnahan tersebut merupakan tindak lanjut dari komitmen pemerintah Kota Yogyakarta untuk memberantas peredaran sediaan farmasi dan makanan serta minuman keras sehingga masyarakat, khususnya masyarakat di Yogyakarta terhindar dari bahaya produk-produk tersebut.
Kegiatan pemusnahan dilakukan pada hari Kamis tanggal 24 Juli 2014, bertempat di kompleks Balaikota Tomoho, Jl. Kenari 56 Yogyakarta. Pemusnahan diawali dengan pembacaan sambutan dari Walikota Yogyakarta kemudian penandatangan Berita Acara Pemusnahan oleh Kepala seksi Pidana Umum Kejaksaan Negeri Kota Yogyakarta dan para saksi, yaitu Sekretaris Wilayah Kota Yogyakarta selaku wakil dari Walikota Yogyakarta, Kepala Polresta Yogyakarta, Kepala Pengadilan Negeri kota Yogyakarta, Kepala Balai Besar POM di Yogyakarta, serta Kepala Kodim 0734.
Pada kali ini, produk sediaan farmasi dan makanan yang tidak memenuhi ketentuan hasil pengawasan Balai Besar POM Yogyakarta tahun 2013-2014 yang dimusnahkan tersebut memiliki nilai keekonomian mencapai Rp. 665.296.500,-, terdiri dari Obat yang tidak memenuhi ketentuan berjumlah 44 pcs, Obat tradisional tidak memenuhi ketentuan berjumlah 3.418 pcs; Kosmetika tidak memenuhi ketentuan berjumlah 7.108 pcs; Pangan tidak memenuhi ketentuan berjumlah 182 pcs; dan bahan baku 44 dus.
