Guna tertib administrasi pengelolaan Barang Milik Negara, sesuai Peraturan Pemerintah Nomor 27 Tahun 2014 tentang Pengelolaan Barang Milik Negara, Peraturan Menteri Keuangan Nomor 50/PMK.06/2014 tentang Tata Cara Pelaksanaan Penghapusan Barang Milik Negara dan Pedoman Penatausahaan Barang Milik Negara Badan POM Revisi Ke-1 Tahun 2013, Panitia Penghapusan/ Pelelangan Balai Besar POM di Yogyakarta pada telah melakukan pemusnahan Barang Milik Negara berupa reagen kadaluarsa dan usang, retain sampel kadaluarsa, rusak dan habis masa simpan setelah mendapat surat persetujuan penghapusan dari Kepala Kantor Pelayanan Kekayaan Negara dan Lelang Yogyakarta nomor S-23/MK.06/WKN.09/KNL.06/2015 tanggal 10 Maret 2015.
Pemusnahan dilakukan dengan cara dirusak hingga menjadi limbah padat dan cair, kemudian pada tanggal 30 Maret 2015 diserahkan kepada jasa pengelolah limbah PT. Arah Enviromental Indonesia. Penyerahan limbah tersebut dipimpin oleh Kepala Balai Besar POM di Yogyakarta I Gusti Ayu Adhi Aryapatni dan disaksikan oleh petugas Kepala Kantor Pelayanan Kekayaan Negara dan Lelang Yogyakarta. Selanjutnya akan dilakukan penghapusan Barang Milik Negara dari Daftar Barang Kuasa Pengguna.
